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超神学院第3季动画故事讲述了主线将延续了前2季度的故事线，恶魔集团全面入侵地球，天使集团与地球超神学院雄兵连的战士进行激烈的反击为主线，各地战事如火如荼，海军，陆军，空军全面参战，地球即将进入英雄辈出的时代，而故事也将带来亘古未有的震撼。